El suelo es un factor primordial en la calidad de todos los vinos y, especialmente, en la de los generosos elaborados y criados en la D.O. Montilla-Moriles. Por ello, el Consejo distingue dentro de las 7.500 hectáreas de la zona de producción la Subzona de Calidad Superior, constituida por las 2.010 hectáreas de alberos de la Sierra de Montilla y de Los Moriles Altos. Las albarizas son suelos pobres y calizos cuyo subsuelo tiene un alto poder retentivo de la humedad que oscila alrededor del 30%, que es lo que necesita la viña.

El clima es otro de los determinantes del milagro de los vinos de Montilla-Moriles. El de esta zona es básicamente mediterráneo pero con cierto carácter continental dada su altitud y su situación en el interior. Los inviernos son fríos y los veranos calurosos, largos y secos con una temperatura máxima superior a los 30ºC. Los rigores estivales aceleran la maduración de la uva, de modo que la vendimia de la D.O. Montilla Moriles se convierte en la primera en iniciarse en España. La pluviometría es escasa con valores entre los 500 y los 1.000 mm de precipitación, lo que permite secar las uvas en las paseras para la elaboración del PX. Importante es también la humedad, que debe oscilar en las naves de crianza entre el 60 y el 80%. De ahí la costumbre de cubrir el suelo de las bodegas con albero por su capacidad para retener agua e ir cediéndola lentamente.

Los dos métodos de envejecimiento más utilizados son la crianza biológica o bajo velo de flor para finos y amontillados y la oxidativa para amontillados, olorosos, rayas, pedro ximénez, etc., ambos bajo el sistema de criaderas y soleras.

Este sistema de almacenamiento, que se implantó en el siglo XVIII, introdujo un concepto de envejecimiento de los vinos que elimina la añada con el objetivo de obtener una calidad constante, un tipo homogéneo de vino. Consiste en colocar unas botas sobre otras en duelas o filas. Cada año se puede sacar un 40% de cada uno de los envases en crianza de vinos generosos, que se llenan en 4/5 partes. El procedimiento tradicional se denomina correr la escala y consiste en sacar determinado número de litros de la solera (la duela inferior) y reponerlos con vino de la primera criadera y éstos, con caldos de la segunda y así consecutivamente hasta la última, que puede ser la sexta o la séptima, y que es en la que se vierte el vino joven del año. El vino no puede ser sacado de una sola vez, sino que esta operación se repite hasta cuatro veces al año. La operación de relleno se denomina rocío.